La recogida de datos, se realiza a través de los controladores de AFNA que visitan las cuadras mensualmente alternando el ordeño. Además de los datos de producción obligatoria como, inseminaciones, diagnósticos, partos, secados y bajas, también se recoge una muestra individual de leche de las vacas en producción para analizar y que es de gran utilidad para el ganadero.

Además de los datos de control lechero, también recogen muestras de genómica, que a través de CONAFE se envían al laboratorio y todo ello, ayuda al ganadero en sus diferentes tomas de decisiones.

El análisis de las muestras de leche, se realizan en el Laboratorio Interprofesional Lechero de Lekunberri, que es el laboratorio oficial de la calidad higiénico sanitaria de leche cruda de las Comunidades de Navarra, Euskadi y La Rioja.

AFNA es parte integrante del Centro Autonómico de Control Lechero de Navarra.