Los órganos de gobierno de la Asociación Frisona de Navarra son la Asamblea General y la Junta de Gobierno.

La Asamblea General es el órgano supremo y en ella radica la soberanía de la misma, ya que es la expresión directa la voluntad de los asociados. Por su parte, la Junta de Gobierno es el órgano que tiene a su cargo la dirección, gestión y administración constante de la asociación.